OrganizacijaRad Instituta ustrojen je po odjelima, znanstvenoistraživačkim jedinicama i pratećim službama.U Znanstveno-istraživačkom odjelu aktivno je sedam znanstvenoistraživačkih jedinica: 1. za srednjovjekovnu umjetnost 2. za graditeljsku baštinu 16.-19.st 3. za slikarstvo, kiparstvo i umjetni obrt 16.-19.st. 4. za graditeljsku baštinu 19 - 20. st 5. za modernu i suvremenu umjetnost 6. za informacijske, komunikacijske i teorijske aspekte povijesti umjetnosti 7. za umjetničku topografiju Hrvatske Osim znanstvenoistraživačkog Institut ima Stručno-tehnički odjel koji se sastoji od četiri službe koje čine znanstvenu i stručnu infrastrukturnu podršku znanstvenoistraživačkom programu 1. arhitektonske službe i planoteke 2. fototečne i fotografske službe 3. bibliotečne i arhivske službe 4. informacijsko-dokumentacijske službe (INDOC) U sklopu trećeg Upravno-računovodstvenog odjela djeluju službe tajništva, računovodstva, nakladništva i druge specijalne službe. Upravno vijeće Instituta: prof.dr. sc. Igor Fisković, Filozofski fakultet, Zagreb predsjednik Vijeća dr. sc. Željka Čorak, Institut za povijest umjetnosti prof.dr. sc. Vladimir Goss, Filozofski fakultet, Rijeka dr. sc. Katarina Horvat Levaj, Institut za povijest umjetnosti doc. dr.sc. Željko Marović, Umjetnička akademija Sveučilišta u Splitu |